怪我のため、体育祭に参加出来ない百瀬花音は友人の代わりに一週間、図書委員を務めることになる。初日に図書室の掃除をしているとカウンターのトレーの下から「飛ぶ教室」という本を発見する。しまい忘れかと思われたその本だが、記録を確認すると十年前に紛失した本だった。なぜ今になって見つかったのか気になった百瀬はたまたま居合わせた図書委員の朔太郎を巻き込んで調査をすることになる。